Nous sommes en Mongolie à la veille de la Seconde Guerre mondiale. Le pays a préféré la férule des Bolcheviks aux ambitions chinoises, et la situation est tendue entre le pouvoir et les religieux. L'avenir de Baasan, qui se prépare à devenir lama dans un des grands monastères du pays, se joue dans ce contexte incertain. Quand il rencontre Sendmaa - une descendante directe de Genghis Khan, venue au monastère pour participer à la fabrication d'une tapisserie sacrée - sa vie se complique encore, car les deux jeunes gens tombent amoureux. Baasan est si épris qu'il veut renoncer à sa vocation afin d'épouser Sendmaa, mais son maître spirituel lui demande de rester quelques mois de plus.

Pendant ce temps, une autre jeune femme nommée Chulunjii, elle aussi amoureuse de Baasan, fomente une intrigue contre Sendmaa, qui sera mariée contre son gré au frère aîné de Baasan. Mais cette tragédie personnelle n'est que le prélude aux violences qui s'abattent sur la région. Les révolutionnaires arrêtent et massacrent les moines, pillent et brûlent les monastères... On ne découvrira l'ampleur des exactions commises pendant ces années noires en Mongolie que des décennies plus tard.

Le moine aux yeux verts, à travers une histoire d'amour poignante et inoubliable, nous plonge au coeur de la civilisation d'un pays injustement méconnu.