An X de l'ère Reiwa. Un terrible tsunami, provoqué par une avalanche sous-marine, ravage la côte Pacifique. Toutefois, ce n'est qu'un avant-goût des calamités à venir. Quelque temps plus tard, à bord du paquebot de luxe Fugaku, se trouve Konoé Sakimori, militaire fraîchement diplômée de l'Académie de défense nationale. Quand un kaijû attaque le navire, une lutte sans merci s'engage pour les Forces japonaises d'autodéfense qui tentent de repousser ces monstres redoutables.

Dans leurs rangs, la jeune Konoé pourrait bien devenir l'héroïne dont le monde a besoin pour sortir de ce cauchemar...