Tolède, 1579. Le père Martin Ayala est envoyé au Japon, pays où il s'est formé en tant que prêtre et missionnaire, pour élucider des meurtres rituels qui ciblent les jésuites dans les missions côtières. Kudô Kenjirô est désigné pour le protéger. Ensemble, ils parcourent un pays dévasté par la guerre et empoisonné par les complots, menant une enquête qui prend l'allure d'une épopée homérique.