Sur les traces de Daijin, Suzume et Sôta ont verrouillé les portes dérobées à travers le pays les unes après les autres. Mais pour contenir le cataclysme, Suzume n'a eu d'autre choix que de planter Sôta, devenu la nouvelle pierre de voûte, dans le Ver. Pour le libérer, la lycéenne retourne dans son village natal, au coeur du Tohoku.