Années 1910, Kodô Iwamoto est élève au collège Seihô, un établissement sous tutelle de l'armée.

Sur ordre de sa hiérarchie, il se rend aux quatre coins du Japon pour enquêter sur des phénomènes surnaturels. Dans un village ou tombe une étrange « neige noire, il fait la connaissance de Shizuma, un adolescent aux aptitudes mystérieuses. Le jeune homme considère ses dons comme la une malédiction et ignore leur véritable potentiel, mais Iwamoto lui révèle alors qu'ils partagent tous deux un lien particulier, avant de lui remettre une lettre de recommandat ion pour le collège Seihô.

Partout où Iwamoto est envoyé, le paranomal rôde...